A área de concentração do PPGBioAgro é “Biodiversidade e Agroecossistemas Amazônicos”, que abrange estudos científicos abordando a temática ambiental e sistemas de produção sustentáveis, temas de relevância para a Amazônia Meridional. No contexto integrado desta área de concentração, tem-se duas linhas de pesquisa, sendo a Linha 1. “Diversidade Biológica” e a Linha 2. “Agroecossistemas Amazônicos”, que possibilitam investigações de questões sociais, econômicas e ambientais da região Amazônica.